freoのメディア管理などで透過PNGを登録しようとすると、背景が黒色になってしまいます。
これを防ぐためには、下記の対応が必要です。

[freo/libs/freo/common.php]の2329行目

$thumbnail = imagecreatetruecolor($width, $height);

を下記の通り変更します。

$thumbnail = imagecreatetruecolor($width, $height);
imagealphablending($thumbnail, false);
imagesavealpha($thumbnail, true);

以上のようにすると、freoに登録した透過PNGの背景が黒色になるのを防ぐことができます。

参考URL

参考にさせていただいたのは下記のサイト様です。

SOFTEL：【php】GD関数でpng画像を加工したら透明部分が透明でなくなった！

有益な情報を教えていただきありがとうございました。